竞业限制调查取证是合法的。

根据《中华人民共和国劳动法》的规定，用人单位可以与劳动者约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。因此，如果企业认为员工违反了竞业限制协议，可以通过合法途径进行调查取证，以便维护自己的合法权益。

然而，在进行竞业限制调查取证时，必须遵循相关法律法规，确保调查过程的合法性和合规性。同时，还需要注意保护被调查者的隐私权和合法权益，避免侵犯其个人信息和隐私。

需要注意的是，取证过程可能存在一定的难度，因为竞争对手与竞业限制员工可能会采取隐蔽的方法来规避竞业限制义务。但只要进行了相关行为，肯定会留下一些蛛丝马迹，可以通过合法手段进行调查和取证。

综上所述，竞业限制调查取证是合法的，但必须在遵守相关法律法规和尊重被调查者权益的前提下进行。